En route vers la Ligue Johto, Sacha, Pikachu et ses amis passent à travers une forêt.
A l'intérieur de celle-ci, ils découvrent un jeune garçon inconscient, Samy et un mystérieux Pokémon légendaire, Célébi, cependant celui-ci est blessé.
Ils s'avèrent qu'ils ont été poursuivis par un chasseur de Pokémon. Lors de cette poursuite pour se protéger ainsi que Samy, Célébi utilisa son pouvoir pour se transporter dans le futur. Samy et Célébi arrivèrent alors 40 ans plus tôt, à l'époque de Sacha. Samy et Sacha décident d'apporter le Célébi blessé au Centre Pokémon de la forêt, mais sur le trajet ils se font prendre en chasse par le chasseur masquer : l'un des plus grands officiers de la Team Rocket. Il possède avec lui le plus fort de tous les Méchas: Gareosu (Un Robot Géant utilisé couramment par la Team Rocket).
Le chasseur se rue donc à la poursuite de nos amis, avec l'intention d'utiliser une "Dark Ball" sur Célébi. Ce type de Ball a la capacité de transformer les Pokémon en Démon.
Au cours de cette bataille intense, une grande amitié se crée entre Sacha et Samy malgré leurs époques différentes. Mais finalement, le chasseur parvient à capturer Célébi aider par la team rocket (Jessy James et Miaous). A ce moment, le légendaire Pokémon Suicune apparaît, et l'ombre de Mew et de Mewtwo semble se dévoiler à l'horizon. La plus grande bataille Pokémon de l'histoire est sur le point de commencer. Sacha et Samy tentent de rappeler à Célébi les moments agréables passé entre eux.
Finalement Célébi retrouve la mémoire et aide à détruire le robot du chasseur avec l’aide de Suicune.
Mais Célébi se meure même l’eau du lac de la vie où il vit ne semble pouvoir le réanimer pourtant Suicune grâce à son pouvoir spécial a dépolluer le lac.
C’est alors qu’une dizaine de Célébi arrive de toutes les époques afin de soigner leur ami.
Célébi une fois guéri se prépare a repartir avec Samy dans l’époque de ce dernier ce qui rend Sacha Pierre et Ondine très tristes.
Afin de raconter leur aventure nos amis décident d’appeler le professeur Chen qui laisse planer un mystère il connaît le nom du jeune garçon (Samy) avant que nos amis ne lui apprennent. On le voit ensuite avec le cahier de Samy vieux de 40 ans et il dit qu’il se souvient de cette aventure comme si c’était hier.
Cela nous permet de comprendre que Samy deviendra le célèbre professeur Chen. Au court de l’aventure on apprend même que le premier Pokémon de Samy Chen fut un Salamèche, Samy (le jeune !) ayant utilisé un Reptincel pendant la bataille.