1ère partie:
Gelardan, un collectionneur de Pokémon, n’a qu’un seul but : capturer Lugia ! Personne ne l’a jamais vu mais une légende raconte qu’il apparaîtra lorsque Sulfura, Electhor et Artikodin seront rassemblés. C’est pour cela que les 3 oiseaux sont chacun sur une île qui leur est propre. Gelardan approche la 1er île où réside Sulfura, et choisi de congeler entièrement l’île afin d’affaiblir l’oiseau de feu. Gelardan le capture entre d’étranges barres électrique. La forteresse volante de Gelardan se dirige ensuite vers l’île d’Electhor, pendant qu’une tempête se profile à l’horizon.
Sacha, Jackie et Ondine sont sur un bateau (piloté par Mic-chan) et voguent vers l’île d’Asia. Afin que tout le monde se détende, ils font sortir tous leurs Pokémon (sauf certains) de leur Pokéballs… lorsque la tempête surgit ! Bien que malmenés, nos amis arrivent tout de même à bon port.
Arrive ensuite la Team Rocket, à la poursuite de Sacha et Pikachu, comme la coutume le veut. Leur sous-marin est lui aussi victime des coups d’humeur de la nature. Emporté par les éléments, le sous-marin part en vrille et le gouvernail cède. Mais ils sont recueillis puis lâchement abandonné à proximité du port.
Le professeur Chen vient ensuite à la rencontre de la mère de Sacha. Soudain une horde de Pokémon surgit et tous se dirige vers le sud de l’île ; surprise de la mère de Sacha et du professeur car la neige tombe (normal jusque là, mais après…) en plein été. Une fois arrivé sur l’île, Sacha et ses amis descendent du bateau endommagé. A terre, ils se retrouvent entourés par un groupe d’individus étrangement vêtus. L’un d’entre eux enlève son masque et explique qu’une cérémonie en l’honneur des dieux Pokémon va avoir lieu. On leur présente la messagère des dieux, Furura. Semblant amoureuse de Sacha, elle tente de démasquer Ondine en lui demandant si elle est la sœur de Sacha, puis si elle est sa petite amie. Bien sûr Ondine, jalouse, commence à s’énerver mais en prenant précaution de ne pas montrer ses sentiments à l’égard de Sacha. Sans tenir compte de ces rivalités la joyeuse troupe se rend sur la plage, où la cérémonie doit avoir lieu.
Comme Sacha est le seul dresseur sur l’île (on devine tout de suite ce qui se passe à l’intérieur de lui), il est obligé de se rendre sur les trois îles des Pokémon divins afin d’en ramener les cristaux d’énergie. D’après les habitants, les troubles météorologique proviendraient d’un déséquilibre entre les éléments. Le seul moyen de calmer la colère divine est de rassembler les trois pierres sur l’île principale.
Le pacte
« Il ne faut jamais tenter d’attraper le dieu du feu, de la foudre ou de la glace car si vous brisez, ce pacte le dieu des océans détruira la terre et le ciel, et le monde ne sera plus qu’un vaste champ de ruines » : explique la légende.
Mic-chan et Sacha parviennent à remettre le bateau en état et se rendent sur l’île de Sulfura en affrontant la mer déchaînée et le vent au péril de leur vie. A peine débarqué sur la terre ferme, Sacha se précipite vers l’antre de Sulfura, situé en haut de la montagne. En effet, la pierre est bien là. Quant à Ondine et à Furura, elles décident de suivre Sacha à bord d’une vedette. Une fois de plus, nos chers amis de la Team Rocket (Jessie, James et Miaouss), essaye de prendre part à ce qui se passe. Mais ils se retrouvent propulsés hors du bateau quand celui heurte une gigantesque vague. Ils se retrouvent au sommet de la montagne : la course au joyau du feu peut commencer ! Mais Sacha à déjà la pierre entre les mains et s’apprête à rejoindre son embarcation… mais Electhor fait son apparition !
Celui-ci ayant remarqué que Sulfura n’était pas dans son île ce l’approprie et il le signale en lançant des éclairs (c’est sa façon de communiquer). Pikachu se met aussi a envoyé des éclairs pour discuter avec lui. Mais celle-ci ne dura pas longtemps car la forteresse de Jirarudan arrive au-dessus d’eux. Il attaque Electhor à l’aide de cages électrique qui ont déjà fait leur preuve sur Sulfura. Gelardan parvient même à emprisonner Sacha, Ondine, Jackie Furura, la Team Rocket et les deux bateaux (celui de Sacha et la vedette de Furura).